Существует несколько причин. Вы уверены, что ничего не изменили (конфигурации, обновления?).
Проверьте следующее:
1) Удостоверьтесь, что у Вас нет пропуска-innodb в Вашем mysql файле.
2) InnoDB мог бы использоваться через плагин, это может быть Вашей ситуацией. Соединитесь с mysql, execlute ВЫСТАВОЧНЫЕ ПЛАГИНЫ и ПОКАЖИТЕ МЕХАНИЗМЫ. Это дало бы некоторую информацию. Вы, возможно, должны были бы установить innodb плагин (плагины):
INSTALL PLUGIN INNODB SONAME 'ha_innodb_plugin.so';
INSTALL PLUGIN INNODB_TRX SONAME 'ha_innodb_plugin.so';
INSTALL PLUGIN INNODB_LOCKS SONAME 'ha_innodb_plugin.so';
INSTALL PLUGIN INNODB_LOCK_WAITS SONAME 'ha_innodb_plugin.so';
INSTALL PLUGIN INNODB_CMP SONAME 'ha_innodb_plugin.so';
INSTALL PLUGIN INNODB_CMP_RESET SONAME 'ha_innodb_plugin.so';
INSTALL PLUGIN INNODB_CMPMEM SONAME 'ha_innodb_plugin.so';
INSTALL PLUGIN INNODB_CMPMEM_RESET SONAME 'ha_innodb_plugin.so';
Вы, возможно, также должны были бы переустановить/перекомпилировать плагины, если бы они были удалены по некоторым причинам.