Вы корректны, .ci файлы являются индексными файлами содержания. Они хранят текст от объектов, хранивших в Вашей ферме SharePoint для создания их легко доступными для поиска. При удалении этих .ci файлов поиск повредится. Точно так же, если бы у Вас был нерасположенный в алфавитном порядке словарь, и Вы оторвали индексные страницы в спине, которая сказала Вам, каким номером страницы слово могло быть найдено, то необходимо будет искать каждую страницу в книге каждый раз, когда Вы хотели найти слово. Можно настроить то, что индексируется, но это - вероятно, единственная опция. Вы могли также переместить их в диск, который имел больше пространства.
http://technet.microsoft.com/en-us/library/dd255990 (офис 12) .aspx