Просто, потому что это возможно, не означает, что это - хорошая идея. Confluence/Atlassian в большой степени, Tomcat/Linux сфокусировал компанию, так устранение проблем IIS будет последним объектом в их списке ожидающих выполнения задач. Я рекомендовал бы получить отдельный IP и выполнил бы его под Tomcat.
Если это не опция, то можно поместить Tomcat на порт 8080, или что-то и затем в IIS настроило перенаправление (т.е., confluence.mydomain.com к слиянию mydomain.com:8080).