Я предполагаю, что Вы ищете что-то вроде этого: MySQL Workbench
Модуль и ядро не являются той же версией ИЛИ, несколько раз, можно получить эту ошибку, если Вы не сделали использовал тот же компилятор для модулей и ядра.
В Вашем случае Вы перекомпилировали ядро, и Вы не изменились/восстановили initrd. Снимок экрана, что Вы отправили теперь, показывает нам плохой initrd со старыми модулями. Необходимо перезагрузить со старым ядром (если бы Вы не перезаписывали его), и восстановите initrd также.
С уважением