Взгляните на этот вопрос на обмене стопки безопасности. Это дает некоторые хорошие указания.
Общие рекомендации состояли бы в том, чтобы предположить, что они поставлены под угрозу, поскольку взломщик, возможно, вытер журналы, установил бэкдоры и т.д., так отключите их, думайте о том, планируете ли Вы провести судебный анализ и сделать копию если так, вытрите их и восстановите от резервных копий.