надлежащий способ добавить новое php приложение на iis7

Вот другое сообщение, которое объясняет различие между vdir и приложением.

В Вашем случае Вы просто хотите создать подпапку как приложение. Это создает границу между папками (только частичная граница).

То, что Вы сделали, корректно. Просто создайте подпапку и в случае необходимости отметьте ее как приложение. Интересно, существует ли некоторая конфигурация в корневой папке, которая замечена подпапкой. Если Вы можете в тестировании, временно переименовывать свой web.config файл от корневой папки и видеть, решает ли это вопрос. Настройки в том файле наследованы вниз структура пути.

Я предполагаю, что должен действительно пытаться разъяснить, где Вы получаете ошибку. Недопустимая ошибка пути приложения в IIS, или в приложении? Если это находится в IIS, то это, вероятно, имеет некоторое отношение к пути vdir. Просто создайте его как приложение, которое должно добиться цели.