Возможно, это помогает: http://redmine.lighttpd.net/issues/2117
Проверьте где DefaultInitEnv PHPRC= указывает и измените вход в систему того конфигурационного файла. Я думаю, что это должно быть /etc/php5/php.ini.
DefaultInitEnv PHPRC=
/etc/php5/php.ini
Попытка:
error_reporting = E_ALL & ~E_NOTICE
в Вашем php.ini