Можно ли войти в тот FTP-сервер на другие сайты? или это - первое, которое Вы устанавливаете?
Если Ваши "программы" поддерживают для определения связывать IP/интерфейса, то можно выбрать, когда пройти VPN и если не. Также необходимо удалить defaultroute из соединения VPN.
С уважением
