Разыскивание причины отказа веб-сервиса, работающего в IIS

Лучшее должно было бы запустить скрипт как пользователя "пользователь". При использовании Apache это может быть сделано с помощью suEXEC модуля: http://httpd.apache.org/docs/2.2/suexec.html.

Для использования PHP необходимо выполнить PHP как CGI. Обычно, это означает отключать mod_php, но в конечном счете существует способ переключиться между mod_php и php-cgi с различными расширениями (например, .cgi или .phpcgi). Не попробовали его, таким образом, это - просто идея.