Лучше всегда копируйте VM в хост-системе - более безопасный, более удобный особенно при выполнении большого количества VMs.
Heroku зависит от Amazon EC2, поэтому если EC2 снижается, то Heroku снижается. Heroku и EC2 все еще довольно надежны в целом, хотя, и каждый поставщик услуг может время от времени иметь проблемы.
Я сказал бы, что, если Вы хотите остаться на Heroku, существует, вероятно, не очень, можно сделать для снижения риска. Вы смогли добиваться большего успеха путем хостинга с кем-то, который имеет более сильное соглашение об уровне обслуживания, чем Heroku. Всего один пример: http://www.rackspace.com/whyrackspace/network/index.php.