Я нашел проблему, и это немного тривиально :) Из руководства (emph. шахта)
В зависимости от Вашей стратегии резервного копирования Вы не можете хотеть, чтобы Dirvish пересек границы файловой системы при выполнении резервных копирований. По умолчанию параметры, переданные rsync, не дают этому команду оставаться в единственной точке монтирования в целевой файловой системе. Если Вы захотите иметь хранилище для каждой сохраняемой файловой системы, то Вы захотите к включенному булев параметр xdev. Если не указанный, действие по умолчанию должно убывать во все файловые системы, которые могут существовать под указанной целью.
Теперь по некоторым причинам одно из хранилищ имело файл конфигурации, который переопределяет это значение по умолчанию:
xdev: true
Удаление того флага должно решить мои проблемы.