Вы проверили, что у Вашего нового пользователя есть та же оболочка как Ваш пользователь root? Кажется, что у Вашего пользователя root есть удар Ваш, у чего-то как он и Вашего нового пользователя есть ksh или что-то подобное. Смотрите на/etc/passwd файл или переменную Среды оболочки.
Ваш клиент разрешает fqdn правильно? выполненный роют puppetmaster.domainname.com, и какой результат Вы получаете?
также, Вы настраивали клиентский сертификат на puppetmaster?