Признаки Вы описываете точку к постоянным соединениям. В некоторых установках PHP не обрабатывает постоянные соединения очень хорошо: это имеет тенденцию открывать новые соединения, а не снова использовать существующие. Я предлагаю, чтобы Вы отключили эту опцию и видели, сохраняется ли проблема:
Если Вы замечаете улучшение, можно попытаться точно настроить персистентные вызовы или избавиться от них постоянно.
Вы попытались использовать umask PHP () функция? Очень возможно, что PHP осуществляет ряд собственных полномочий файла...