Можно поместить Вас приложение везде, где Вы хотите. Это сказанное, если Вы выбрали /var/www...
затем Вы будете использовать путь, который довольно распространен. Одно из преимуществ этого - то, что много учебных руководств и другая документация обычно используют/var/www, таким образом, легко следовать за ними и коснуться Вашего собственного сайта / приложение.