Почему очень определенная потребность в 404? Нет действительно никакой причины, что 403 не должны работать.
Я сказал бы, просто блокируют их без необходимости, переписывает (в блоках местоположения, блоки каталога или htaccess, выбирают)...
Order allow,deny
Deny from all
но если Вам действительно нужны 404, и Вы не можете только удалить файлы, затем переписать пути к несуществующему файлу, я предполагаю. Действительно, хотя, нет никакой причины сделать это, и Вы сверхусложняете свою конфигурацию.
RewriteCond %{REQUEST_URI} ^/(css|js|images)/
RewriteRule ^.*$ /nonexistentfile.html
Сделайте запаздывающую наклонную черту дополнительной.
RewriteCond %{REQUEST_URI} ^/?(css|js|images)/?