Работайте команда на запуске Windows (не входят в систему!)

Существует по крайней мере 2 возможности, о которых я могу думать:

1. Они нашли Ваш пароль FTP
2. Они нашли дефект в Вашем программном обеспечении PHP

Предотвратить их:

1. Используйте сложный пароль (минимальные 9 символов, смешанный случай, цифры и специальные символы)
2. Выполненный от 777, как будто это было число зверя; попытайтесь дать веб-серверу не больше, чем полномочия чтения на своих сценариях и дать специальные полномочия (надо надеяться, редкий) папки/файлы, где он должен записать.

Если у Вас есть доступ к некоторым журналам (журналы доступа от Apache и журналы FTP от любого FTP-сервера Ваши выполнения веб-сайта), который мог оказаться полезным для наблюдения то, что произошло.

Сомнительно, что им удалось сделать столько изменений с простым дефектом в Ваших сценариях, если это не действительно широко открытый дефект (как Вы, имеют незащищенный сценарий, только переносящийся fopen () по тому, что пользователь любит), таким образом, я проверил бы, что FTP входит в систему приоритет.