Несколько физических мониторов поддерживаются RDP? Я думал, что это было то, почему http://www.splitview.com/ существовал?
Для контроля управления файловой системой необходимо будет использовать inotify или встроенную систему аудита с ядром. Смотрите на эту страницу для краткого обзора Ваших опций. Страницы справочника для inotify и auditctl также очень ценны.
Эти процессы скажут Вам каждый раз, когда определенный файл изменен, сделан ли он как команда в истории пользователя (например, через файловый менеджер GUI, и т.д.).
Можно позволить процессу, считающему сделать это.
apt-get install acct
После того, как это установит Вас, сможет видеть все команды, выполненные пользователем, использующим lastcomm username
. man lastcomm
для большего количества опций.