У Вас есть какой-либо бэкенд базы данных, с которым Вы соединяетесь? Часто то, что произойдет, - то, если некоторые запросы начнут замедляться, то у Вас будут апачские процессы, начинают создавать резервную копию и, учитывая низкую сумму RAM на Вашем linode, это будет снежок и запинаться за порождение и падать ЦП и загружаться для подниманий.
Другая вещь, Вы упомянули использование модели рабочего. Это прекрасно, если Вы на 100% уверены все модули, Вы используете в PHP, ориентированы на многопотоковое исполнение. Фактическое php руководство по установке рекомендует против использования его хотя (php руководство)... Независимо от которой модели Вы идете с, необходимо удостовериться, что Вы настраиваете их правильно. Хорошая начальная точка Настраивает системы ЛАМПЫ. Если MaxClients не настраивается правильно, Apache мог бы закончить тем, что заставил Вашу систему отказывать, поскольку он поднимает всю память во время пакета трафика на Ваш сайт.