Я могу вынудить команду passwd использовать хеш MD5 (и не склеп)?

Тьфу. Я не мастер оболочки вообще, но я посмотрел бы на канал к xargs и затем sed для удаления строки с рассматриваемой строкой.

Немного Google прочтение заставляет меня думать, что это могло бы сделать Bob Вашим stepuncle - достаточно близко для получения там так или иначе.

grep -r -l 'string'  | xargs sed '/string/d'