Почему ibdata1 все еще растет, когда я использовал innodb_file_per_table в MySQL 5.1

Думайте трудно об этом, поскольку Вы найдете, что у Вас могут быть некоторые проблемы с Лесным материалом уровня как Схема для запуска. Столь болезненный, как это может быть это, может быть опция 2. я буду смотреть на это, поскольку на мне не Ваше место долгое время.