По-моему, Ваш пропускают эту запись в Вашем httpd.conf
NameVirtualHost ip_of_your_server:80
--
С уважением,
Robert
Используйте - with-php-config опция к настраивать сценарию для указания на него на корректный php-config5 двоичный файл, как так:
./configure --with-php-config=/usr/local/php5/bin/php-config5