LoadModule php5_module libexec/apache2/libphp5.so
Для Nginx необходимо будет скомпилировать его из источника и настроить файлы сервера для использования fastcgi.
Необходимо будет также установить php5-fpm или одну из старой икры-fcgi или php-cgi методов. PHP 5.3.6 Вы установили, не будет работать с Nginx.
Я пошел бы с php-fpm, и можно получить инструкции по установке на Wiki..