Иногда некоторые клиенты FTP изменяют значение по умолчанию chmod перед любой загрузкой. Если это не работает от того определенного компьютера, НО с градиентами признаков, который означает, это связано с настройками компьютера. Попытайтесь проверить журнал компьютера и удостовериться, что брандмауэр выключен (проверьте что throuh services.msc, например),
Если Вы выполняете предварительное ветвление Apache, то можно просто сделать
ps aux |grep http| wc -l
Во-вторых, эта команда
netstat -ntu | grep :80 | awk '{print $5}' | cut -d: -f1 | sort | uniq -c | sort -n
включает соединения в УСТАНОВЛЕННЫЙ, указывает CLOSE_WAIT, FIN_WAIT, и т.д.
Если Ваш Apache является медленным затем, это может быть веб-приложение также, Вы можете зарегистрировать время, потраченное апачем для обслуживания запроса, и действительно далее анализируете.