Помимо Вашего брандмауэра Windows Server, там другой брандмауэр (или маршрутизатор) устройство, защищающее тот сервер? Вы забывали открывать и/или передавать тот порт серверу?
Если Вы хотите установить выполненный mysql sudo apt-get install mysql-server-5.1
это - быстрый и самый легкий путь