Windows 2003 по сравнению с сервером 2008. Какие-либо главные недостатки?

Можно запустить установщик и выбрать дополнительные опции добавить клиентские инструменты (я сделал бы это против экземпляра по умолчанию для хранения вещей простыми).

Если SP1 был установлен, Вы, возможно, должны были бы уже создать установщик что воздушные потоки SP1 (см. здесь, здесь и здесь для получения информации о выполнении этого).