Опция 1. Мало того, что это является самым безопасным, это также гарантирует, чтобы у Вас было резервное копирование в случае, если все это идет сформированная груша. С 9 ГБ, в зависимости от используемой схемы (схем) я, вероятно, был бы склонен вывести каждую базу данных и возможно даже каждую таблицу в отдельный файл дампа.
Опция 2 оставляет слишком много комнаты для вещей пойти не так, как надо.
http://php.net/manual/en/mongo.construct.php поможет Вам, даже если Вы не будете использовать PHP. Можно соединиться с любым сервером в RS, остальное - роль драйвера (и каждый драйвер делает это). Определение нескольких для соединения с позволяет драйверу соединиться с RS, должен один сбой сервера.