Вам нужны два раздела в Вашей конфигурации Apache. Считайте этот раздел из сайта Trac; я думаю, что это поможет Вам.
Вы сделали, устанавливают доверяемый пул приложений в разработчике Топологии? Можно также использовать оболочку управления Lync. См. эту ссылку: http://technet.microsoft.com/en-us/library/gg420962.aspx