Это могло быть числовым артефактом, который система контроля произвела, вызванный очень кратковременной частью. Возможно, это - просто эффект выборки, который Вы видите здесь.
Быстрая мысль была бы то, что Apache ДОЛЖЕН выполнить полномочия на каталоге для обслуживания чего-либо из того каталога. Вы удаляете, выполняют полномочия (4 для чтения, 2 для записи, 1 для выполняются = rwxrw-rw-), таким образом апач больше не может получать доступ к каталогу SugarCRM. Если файлы принадлежат 'youruser:www-данным', Вы могли бы попробовать 'chmod-R 775'. в корне документа.