Не зная, какое сообщение (сообщения) об ошибке Вы получаете, или какие методы Вы используете для соединения с SQL-сервером, я сказал бы, что первая ставка должна удостовериться, машина (машины) Победы 2000 обновила установленные Microsoft Data Access Components (MDAC). Можно получить MDAC 2.8 SP1 от MS здесь.
Вам включали CRL, проверяющий в какой-либо из тех систем?
Если Вам не включили CRL, проверяющий, то удаление CA не должно действительно означать много. Вам все еще был бы нужен сертификат CA для проверки сертификатов на сервер.
Сертификаты в конечном счете истекут, и необходимо будет выпустить новые сертификаты или реконфигурировать систему.