Если Вы закрываете все связанные с SQL Server сервисы, у Вас не должно быть проблемы с этим. Важные вещи состоят в том, чтобы гарантировать, что данные SQL (.mdf) и журнал (.ldf) файлы все закрываются и не используемые, когда резервное копирование взято.