В большом офисе я всегда шел бы для опции два по причинам, уже перечисленным Antoine и Antitribu однако существует другой фактор для рассмотрения, существует предел длине любого данного кабеля, прежде чем ухудшение сигнала произойдет. Если не изменяет память, для Cat5 и кабеля Cat6 стандарт составляет 100 м (твердого базового кабеля) от патч-панели до стенной точки, которая допускает (скрученный) соединительный кабель на 10 м с обоих концов.
В действительности у меня были надежные гигабитные скорости от кабелей на 150 м, но я не хотел бы идти очень кроме того.
Я иногда подозреваю, что просто необходимо разбить проблему в части или изменить способ, которым Вы организуете папки :-)
Кроме того, если Вы начинаете быть слишком необычными с исключениями или включениями, Вы могли бы найти уничтожение производительности так или иначе.