Смотрите на это: http://tomcat.apache.org/tomcat-6.0-doc/manager-howto.html#Supported%20Manager%20Commands
или переместите свою мышь в ссылку "Остановки" в сети менеджера по Tomcat UI и посмотрите на строку состояния, Вы будете видеть URL для остановки того приложения. Можно назвать его со сценарием через wget, завихрение, рысь...
Менеджер по Tomcat доступа через URL http://ip:8080/manager, Вы будете видеть список запущенных приложений. И от этого, можно остановить любое веб-приложение, которое Вы хотите.
Я использую wget для остановки и запуска приложений. Пользователь в tomcat-user.xml должен иметь роли сценария менеджера. Для TOMCAT 5,6:
wget "http://<user>:<password>@<servername>:<port>/manager/stop?=/<application context>" -O - -q
wget "http://<user>:<password>@<servername>:<port>/manager/start?=/<application context>" -O - -q
Начиная с TOMCAT 7 (7.0.62 для моей установки), вам необходимо добавить / текст / после менеджера:
wget "http://<user>:<password>@<servername>:<port>/manager/text/stop?=/<application context>" -O - -q
wget "http://<user>:<password>@<servername>:<port>/manager/text/start?=/<application context>" -O - -q
Надеюсь, это поможет