Удостоверьтесь, что Вы используете ту же ТОЧНУЮ версию MySql. .myd, содержит данные, .frm содержит структуру таблицы, и .myi содержит индекс для Ваших данных.
Не забывайте перепроверять базу данных с помощью оператора таблицы проверки mysql.
Я имел некоторый успех, восстанавливающий поврежденную базу данных старой mysql версии без .myi файла.
Я не знаю, работает ли это на EBS, поддержанный AMI, но, например, сохраните AMI, который можно загрузить с S3, можно следовать инструкциям здесь:
http://open.eucalyptus.com/forum/image-portability-amazon-ami-eucalyptus-emi#comment-10598