Я не думаю, что Вы получите много производительности, если Вы разделите свою базу данных на группы файлов, потому что у Вас есть только два выделенных диска, и Вам уже нужно один для Ваших трансжурналов.
Я не разделил бы его.
Если это - однопользовательская настольная среда разработки, выполняющая локальный апачский экземпляр (слушающий локально для тестирования), просто chmod 777
каталог и быть сделанным с ним. В производстве это было бы более сложным вопросом, хотя я подозреваю, что netbeans не записал бы в производственный каталог (я надеюсь!)