Проверьте значение CATALINA_BASE в Ваших .bat файлах (или переменные среды), чтобы видеть, установлены ли они на неправильный базовый каталог - это часто происходит, потому что CATALINA_BASE по ошибке установлен на подкаталог мусорного ведра Вашего каталога стандартной установки кота.