Я не знаю о сценарии PowerShell, который сделает это для Exchange 2003 (может быть один, просто не может найти его), с Exchange 2007 его очень легкое.
Существует сценарий здесь, который очистит всю очередь для Вас, с помощью vbscript. Вы надеющийся делать это или удалять конкретные электронные письма?
Get-ExchangeServer | ?{$_.IsHubTransportServer -eq $true} | Get-Queue | get-message | Remove-Message -withNDR $false
Для Exchange 2003 я бы использовал Aqadmcli.exe от Microsoft PSS, следующая ссылка дает хороший обзор того, как использовать его для массовой очистки очередей.