Установить высокоуровневый каталог, который будет обработан Perl?

Опция один

Укажите DirectoryIndex, который (a) допустим и (b) обрабатывается через mod_perl.

DirectoryIndex index.pl

# This part probably isn't necessary, but might help.
<Files *.pl>
  SetHandler modperl
  PerlResponseHandler MyHandler
</Files>

Опция два

Используйте переписать правило

RewriteEngine on
RewriteRule ^$ /somefile