mysqlcheck не поддерживает несколько команд противоречия
По крайней мере один из Ваших переключателей вероятен теперь взаимоисключающий другим в одном или нескольких вызовах к mysqlcheck.
Ищите каждого из них (-v, -1, -A, -c, -r, -m, -a, -o), выясните, что каждый из них делает и выясняет, как выломать их в отдельные вызовы к mysqlcheck, таким образом, они не противоречат друг другу.
Как гипотетический пример, -v объединенный с -r мог бы означать, "задерживает часы и устанавливает часы вперед" - инструкция, которая могла возможно интерпретируемый, чтобы быть противоречащей. Если Вы хотите сделать обе операции, необходимо сделать их в двух последовательных вызовах к mysqlcheck, в порядке Вы, которые требуют, чтобы они работали.
Как было сказано ранее, используемые вами переключатели являются взаимоисключающими: поэтому вы хотите избавиться от одной опции. Попробуйте следующее:
mysqlcheck -u %MYSQL_USER% -p%MYSQL_PW% --auto-repair --optimize --all-databases
Если я не ошибаюсь, вы получите то же самое с помощью одной команды.