Как я настраиваю httpd.conf так, чтобы скрипты в <жемчуге> </perl> только были запущены, если существует флаговый параметр в querystring?

Используйте Perl, чтобы оценить query_string и затем использовать if оператор для пропуска остальных, если параметр не устанавливается.

Возможно, что-то как this*:

<perl>
     if (length ($ENV{'QUERY_STRING'}) > 0){
           $buffer = $ENV{'QUERY_STRING'};
           @pairs = split(/&/, $buffer);
           foreach $pair (@pairs){
                ($name, $value) = split(/=/, $pair);
                $value =~ s/%([a-fA-F0-9][a-fA-F0-9])/pack("C", hex($1))/eg;
                $in{$name} = $value; 
           }
     }
     if (defined $in{'flag'}){
          #Your Code here
     }
</perl>

*могли бы быть другие способы разбить query_string, вот то, где я получил свой пример.