Вполне честно я нашел, что Google является Вашим лучшим ресурсом для этого.
"Зафиксированный" это путем копирования applicationhost.config к полю 2003 года, редактирования его там и копирования назад. По-видимому, 2008 "симулирует" сохранить Ваш файл (т.е. он показывает мои изменения, когда я открываю его в блокноте), но считайте их из, или некоторая кэшированная версия, или из другого файла elsewher
Должно быть относительно простое использование правильного синтаксиса в MSDeploy.
Лучше, чем попытка объяснить все входы и выходы процесса здесь, я рекомендовал бы читать этот поток по iis.net
Удостоверьтесь, что Вы проходите целый поток прежде, чем запустить миграцию.