Я думаю, что необходимо серьезно рассмотреть миграцию колебания для этого. Я использовал его успешно идущий от простого Windows 2003 Server до SBS. Хотя я лично не сделал этого, я предполагаю, что можно также использовать его для движения с 2003 SBS в Сервер 2008. Супер легко следовать.
Кажется, что это было вызвано другим Разработчиком, имеющим установку автосинхронизации с его копией DreamWeaver.
Часть 1: Могли быть несколько вещей, как упомянутый pboin, если Вы открываете его в редакторе, он может добавить новую строку или преобразовать окончания строки, или я прокомментировал, если система исходного или конечного файла является разделом MS-DOS/FAT.
Часть 2: попробуйте - strip-trailing-cr