может администратор сети входить в веб-сайт IIS7 (использующий режим аутентификации Windows)

Короче говоря, Администратор домена может сделать то, чему они нравятся. Если у них нет доступа к чему-то, они только должны махнуть своей благочестивой палочкой Администратора домена и предоставить себе доступ.

Как в стороне, я ценю Вас, делают удивление для них, однако они действительно должны знать об этом так, веб-сайт может быть включен в планы резервного копирования и такой. Вам жаль бы, что Вы не сказали им после 6 месяцев работы и за день до того, как она идет живая, сервер перестал работать без резервного копирования Вашего веб-сайта, потому что системные администраторы не знали о его существовании.