Вы видели это - https://stackoverflow.com/questions/2243813/asp-net-hashing-using-codesmith-when-upgrading-from-net-2-0-to-3-5
Походит на подобную проблему, у Вас есть резервное копирование, с которым можно сравнить machinekey до обновления?
Добавьте свою команду к/etc/rc.d/rc.local