Приложение направляющих перезапуска при Пассажире:
сенсорный /path/to/your/app/tmp/restart.txt
https://www.phusionpassenger.com/library/admin/apache/restart_app.html#restart-txt
Apache mod_proxy объединенный с mod_rewrite может сделать сокрытие домена, которое Вы ищете. Однако ссылки на страницах являются другой историей. Если Вы служите статическому содержанию, я не знаю о способе изменить их. При обслуживании динамического контента само приложение должно было бы изменить hrefs к domain1, если это видит, что соединение прибывает из domain1 веб-сервера (который это было бы при использовании mod_proxy).
Для влияния SEO я рекомендую спросить относительно http://webmasters.stackexchange.com, поскольку они лучше сведущий в маркетинге веб-сайтов, чем мы.
Очень сырое и вероятно неправильный метод выполнения сокрытия домена были бы чем-то вроде этого в <VirtualHost>
раздел конфигурации Apache
RedirectRule $/(.*) http://other.example.com/$1 [P]
Удостоверьтесь это LoadModule mod_proxy.c
находится в разделе General. Вы определенно захотите к пуленепробиваемому, который, у меня нет времени прямо сейчас, чтобы сказать Вам, как сделать это.