mysql функционирует php cli

Временно назначенный комментарий Kyle.

Так или иначе, если шаблон достаточно универсален, можно достигнуть того, что Вы хотите мое соответствие чему-либо кроме заключительного символа, т.е.

egrep "\[#([^]]*)#\]" ...

Этот шаблон не будет работать, если у Вас будет закрытие] в тексте, например, [#xyz] #] не будет соответствовать.