Возможно, разветвление текущего процесса занимает более длительное время, чем ожидалось. Таким образом, это не была бы проблема с вызовом команды OS, но с JVM / поток:
https://stackoverflow.com/questions/3910760/does-runtime-getruntime-exec-have-a-bad-performance неустойчивое поведение может быть указателем здесь.