Ваш установщик может пытаться перезаписать файлы JRE. Сделайте сравнение ключей реестра JAVA и системы соединяет настройки каналом между хорошей системой и поврежденной системой. Мое предположение является ключами реестра, были перезаписаны.
Необходимо контролировать установщик, пробежаться через каждую вещь, которую он изменяет, и проверьте что:
В следующем сообщении упоминается то же самое, что и у нас, а именно: средство обновления Java может повредить Java, если попытается выполнить обновление, когда службы работают с использованием Java:
Tomcat 7.0.22 Служба Windows перестает работать с обновлением JRE
Интересно, запускалось ли у вас обновление Java после установки Tomcat, которое затем вызывает эту проблему.