Может кто-то исправлять меня о реализации Windows 2008 DFS
Это не проблема DNS. Если это было упорно продолжено Looking up xxx.com это, вероятно, было бы проблемой DNS.
Если это было Connecting to xxx.com это означает, что Ваш сервер не отвечал вообще, но с Waiting for существует определенно проблема где-нибудь, возможно, неверная конфигурация Apache.
Немного поздно, но если Вы все еще ожидали ответа, я думаю, что необходимо видеть http://blogs.technet.com/b/askds/archive/2009/06/29/deploying-dfsr-clustering-in-windows-server-2008-r2.aspx
Обратите внимание необходимость в Windows Server 2008 R2 для кластеризованного экземпляра DFSR. И да Вам будет нужна совместно используемая память, доступная всеми узлами кластера.
Необходимо также сделать расширения схемы для Windows Server 2008 R2 согласно http://blogs.technet.com/b/askds/archive/2008/07/02/what-are-the-schema-extension-requirements-for-running-windows-server-2008-dfsr.aspx. Но сам AD может остаться в Windows 2003 DCs, пока Вы не готовы обновить это.