POP3 является Вашей проблемой - я боюсь, что Вы не можете сделать многого без изменений в методе доступа.
Действительно ли это - управляемый поставщиками услуг BES, хотя? Это казалось бы мне как немного нечетное, так как BIS создается вокруг просто того сценария.
Мобильные поставщики, с которыми я имел дело, всегда использовали BIS - который пользователь должен смочь настроить для использования IMAP или вызовов API HTTPS, избежав поведения маркировки чтения POP3 - а также разрешение Вам выключить тот устаревший протокол.
Если Вы абсолютно не можете убежать от POP3, можно использовать этот ужасный взлом:
Сделайте второй почтовый ящик для пользователя, настройте его как альтернативного получателя доставки для пользователя, скройте его от списка адресов Exchange и используйте этот почтовый ящик "клона" в качестве почтового ящика POP3 для поставщика для опроса.
Это ужасно, но это сделает то, в чем Вы нуждаетесь. Вы захотите вычистить тот почтовый ящик "клона" периодически, также.