5 000 правил не являются проблемой, однако, существует http://www.hipac.org/, который действительно вполне успевает при обработке огромного количества правил.
Несколько вопросов.
Какую "определенную информацию" Вы пытаетесь получить?
"Сертификатом" Вы имеете в виду сертификат SSL? Или Вы просто хотите информацию о регистрации домена? Это не ясно в Вашем вопросе.
У Вас есть примеры domains/TLDs, которые не работают?
Да, некоторые доменные регистраторы ограничивают общее количество WHOIS looksup на IP. Предел до них. Необходимо было бы дать примеры для обнаружения больше.
Просто удар в темноте здесь - Вы не пробуете доменному бекасу, Вы?